اصل کار الکتروفورز ژل
الکتروفورز ژل مولکول‌های باردار را در میدان الکتریکی از میان بستر متخلخل عبور می‌دهد. DNA و RNA بار منفی دارند و پروتئین‌ها بسته به pH باردار میشوند؛ هر مولکول با سرعتی متناسب با اندازه، شکل و بار خود حرکت میکند و مولکول کوچک‌تر سریع‌تر از منافذ ژل می‌گذرد. نتیجه، نوارهایی مجزا بر اساس اندازه است.
دو بستر رایج داریم: ژل آگارز برای اسیدهای نوکلئیک و ژل پلی‌آکریل‌آمید برای پروتئین‌ها و قطعات کوتاه DNA.
ژل آگارز و اسیدهای نوکلئیک
ژل آگارز ابزار استاندارد بررسی کیفیت و اندازه قطعات DNA پس از PCR یا استخراج است. غلظت ژل را بر اساس طول قطعه انتخاب می‌کنند؛ قطعات بلند در ژل رقیقتر بهتر تفکیک میشوند. رنگآمیزی با رنگ ایمن یا اتیدیوم بروماید نوارها را زیر UV یا نور آبی نمایان میکند.
نشانگر وزن مولکولی را همیشه در یک چاهک بریزید تا اندازه قطعات خوانا شود؛ نمونه تخریب‌شده به‌جای باند تیز، لکه پخش می‌دهد.
- بافر تازه با غلظت یکسان در تانک و ژل بریزید تا میدان الکتریکی یکنواخت بماند.
- ولتاژ بالا سرعت را زیاد میکند اما باندها را کج و پهن میکند؛ ولتاژ متعارف پروتکل را نگه دارید.
- پیش از رنگآمیزی مطمئن شوید رنگ انتخابی با آزمایش بعدی، مانند برش آنزیمی یا توالی‌یابی، سازگار است.
SDS-PAGE برای پروتئین‌ها
در SDS-PAGE پروتئین را با سدیم دودسیل سولفات (SDS) دناتوره می‌کنند. SDS بار منفی یکنواختی به ازای واحد جرم روی پروتئین می‌نشاند و اختلاف بار ذاتی را حذف میکند؛ در نتیجه جداسازی فقط بر اساس اندازه انجام میشود. ژل متراکم‌کننده نمونه را متمرکز و ژل جداسازنده پروتئین‌ها را تفکیک میکند.
رنگآمیزی کوماسی یا نقره باندها را آشکار میکند؛ همین ژل می‌تواند پایه مراحل بعدی مانند وسترن بلات باشد.
مقایسه ژل آگارز و SDS-PAGE
کاربرد الکتروفورز ژل تنها پژوهش نیست؛ در کنترل کیفیت مواد غذایی برای ردیابی DNA گونه‌ای و در آزمایشگاه‌های خدمات آزمایشگاهی برای تأیید محصول PCR استفاده میشود. مزیت روش، سادگی و هزینه پایین است؛ محدودیت آن ماهیت نیمه‌کمی و نیاز به تأیید نتیجه با روش دقیق‌تر است.
| ویژگی | ژل آگارز | SDS-PAGE |
|---|---|---|
| نمونه هدف | DNA و RNA | پروتئین |
| قدرت تفکیک | متوسط؛ مناسب قطعات بلند | بالا؛ جداسازی بر اساس اندازه |
| آماده‌سازی | سریع و ساده | ژل‌ریزی دومرحله‌ای |
| رنگآمیزی رایج | رنگ‌های اسیدنوکلئیک | کوماسی بلو یا نقره |
سفارش آزمون الکتروفورز از دستوا
آزمایشگاه زیست‌فناوری دستوا الکتروفورز ژل را برای نمونه‌های DNA، RNA و پروتئین همراه گزارش تصویری انجام می‌دهد. فهرست کامل آزمون‌ها را در کاتالوگ آزمون‌ها ببینید و برای انتخاب ژل مناسب از صفحه خدمات مشاوره بگیرید.
برای دریافت پیش‌فاکتور و هماهنگی ارسال نمونه، فرم درخواست پیش‌فاکتور را پر کنید؛ همکاران دستوا در کوتاه‌ترین زمان پاسخ می‌دهند. اگر نمونه پس از استخراج DNA آماده است، در فرم ذکر کنید.